জামিয়ার রয়েছে একটি সমৃদ্ধ গ্রন্থশালা। এতে রয়েছে মূল্যবান হাজারো বিরল কিতাবের বিশাল মজুত। স্তরে স্তরে সাজানো হয়েছে তাফসীর, উলূমুল-কুরআন, হাদীস, উসূলুল-হাদীস, ফিক্বহ, উসূলুল-ফিক্বহ, আক্বাইদ, ফারাইজ, ইতিহাস, আরাবী সাহিত্য, বালাগাহ, আরাবী ব্যাকরণ- নাহু- সারফ, যুক্তিবিদ্যা, জীবনী, সীরাত, রিজাল, রাজনীতি ও অর্থনীতিসহ ধর্মীয় এবং জাগতিক বিশটি শাস্ত্রের প্রায় ১৫হাজার মূল্যবান কিতাব। বৎসরের শুরুতে গরীব ছাত্রদেরকে কুতুবখানা থেকে কিতাব সরবরাহ করা হয়। এই বিভাগের দায়িত্বে থাকেন দুইজন উস্তায। বিভাগীয় প্রধানকে নাযিমে মাকতাবাহ বলা হয়।

দায়িত্বশীলবৃন্দ
হযরত মাওলানা জফির উদ্দিন
মাওলানা হাসান আল মাহমুদ নাহিয়ান