জামিয়ার কার্যক্রম সঠিকভাবে আঞ্জাম দিতে বেশ কয়েকটি সহযোগী সংগঠন তৎপর রযেছে। এগুলোর মাধ্যমে জামিয়া অল্পদিনেই তার শিক্ষা বিশ্বের সর্বত্র ছড়িয়ে দিতে সক্ষম হয়েছে। নিম্মে এগুলোর পরিচয় তুলে ধরা হলো:

আল-হিলাল ছাত্র সংসদ, আশ-শিহাব পরিষদ 

আল-হিলাল ছাত্র সংসদ: পড়ালেখার পাশাপাশি প্রতিটি ছাত্রকে একজন বহুমূখী যোগ্যতাসম্পন্ন আলেম হিসেবে গড়ে তুলতে জামিয়া নিরন্তর কোশেশ চালিয়ে যাচ্ছে। একজন ছাত্র যাতে সমাজের সকল সেক্টরে নিজেকে মেলে ধরতে পারে, বক্তৃতার মঞ্চ কিংবা লেখনির জগত অথবা নেতৃত্যের ময়দানে নিজের সবটুকু প্রতিভার বিকশি ঘটাতে পারে- এজন্য জামিয়া গঠন করেছে আল-হিলাল ছাত্র সংসদ নামে একটি সাড়াজাগানো প্রশিক্ষণমূলক ছাত্রসংগঠন। মাদরাসা প্রতিষ্ঠার পর থেকে ১৪০৩ হিজরী পর্যন্ত এর নাম ছিলো জমিয়তুত্তালা, ১৪০৪ হিজরিতে নাম পরিবর্তন করে জামিয়া ছাত্রসংসদ রাখা হয়। ১৪১৪ হিজরিতে এই নাম পাল্টিয়ে আল-হিলাল ছাত্রসংসদ রাখা হয়।

ছাত্র সংসদের সভাপতি এবং সহ-সভাপতি শিক্ষকদের মধ্য থেকে নির্বাচিত করা হয়। অন্যান্য দায়িত্বশীল ছাত্রদের মধ্য থেকে নেয়া হয়। এ পর্যন্ত যারা ছাত্রসংসদের সভাপতি ছিলেন, তাঁরা হলেন- মাওলানা শায়খ জিয়া উদ্দিন দা.বা, মাওলানা মুস্তফা আহমদ পাতনী, মাওলানা নুরুদ্দিন রাহ. বাঘা, মাওলানা শামসুদ্দিন, মাওলানা আজিজুল হক চাটগামী, মাওলানা সালেহ আহমদ জকিগঞ্জী, মাওলানা মুফতী মুজিবুর রাহমান।

বর্তমানে ছাত্রসংসদের সভাপতির দায়িত্বে আছেন- মাওলানা আব্দুল হাফিয শমশেরনগরী। মাওলানা আসআদ উদ্দিন আল মাহমুদ, মাওলানা বিলাল আহমদ ইমরান এবং মুফতী আবু ইউসুফ সহ-সভাপতির দায়িত্বে আছেন।

ছাত্রসংসদের উদ্যোগে প্রতি সপ্তাহে ৬টি বিভাগে বাংলা এবং আরবী বক্তৃতা প্রশিক্ষণ হয়। জামিয়ায় সম্মানিত কোনো অতিথির আগমন ঘটলে এদেরকে ছাত্রসংসদের পক্ষ থেকে সংবর্ধিত করা হয়।

গংসদের পক্ষ থেকে আল হিলাল নামে একটি বার্ষিক ম্যাগাজিন এবং আল ফুরকান নামে একটি আরবী ও আল-ফারুক নামে একটি বাংলা ত্রৈমাসিক দেয়ালপত্রিকা বের হয়। এছাড়াও জামিয়ার স্বার্থসংশ্লিষ্ট অনেক কাজ, বিভিন্ন সামাজিক উন্নয়নমূলক কাজ- আল-হিলাল ছাত্রসংসদ করে থাকে।